3.2 任务命令记录习惯

六月 17, 2015 生物信息 por DeanGao

我记得我刚进实验室课题组的时候,老师就跟我强调了这个习惯,当时可能什么都不懂也没用马上接触一些项目,所以没有这个意识,但是后面发现这是很有必要的,尤其是后面慢慢从软件工程的角度来理解这个问题。下面从几点来讲解下:

  • 通常大部分的分析流程不是一步就可以到位的,有时候可能需要返工,同时也要考虑对后面新手的培养,所以良好的分析流程记录习惯对保证分析质量和经验的延续很重要。

这点已经讲得相当的清楚,在大型的分析项目中(如全基因组测序)有些分析不是一步到位的,可能需要尝试不同的参数配置等,如果不去把每种情况相关的详细命令和方案记录下来,后面比较时就没有依据,写文章时也缺少具体的参数。这些当时可能不觉得什么,但是到了后面真正需要的时候就傻眼了,这个道理大家可能都明白,但是可能是当时图一时的方便导致后面的麻烦。再者,现在越来越多的人做生物信息学,对于刚入门的新手来说,在一些常规的分析项目上没不要自己去一点点再去琢磨,如果这时有之前详细的记录那么上手就很快,效率也是提高了的。有时不仅仅是自己掌握了相关的技能后就完了的,更加应该站在一个长远发展的角度来为其它人更好的服务。

  • 简单的命令,不同参数的组合,每次运行任务后可以将命令存在一个文件中(cmd.txt 、README.txt等)或者存到笔记应用中。
  • 站在别人的角度来想,让别人能看懂你的分析流程,不要觉得多写几行字就很麻烦。
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